Por qué se me penaliza en la declaracion de renta?

Esto sucede porque el cálculo de las retenciones que hace Hacienda es por un cómputo global anual y cada una de las empresas lo hacen por sus aportes particulares. Por ejemplo, si en cómputo global ganas 20.000, Hacienda toma como referencia esa cantidad y calcula la retención que te debería hacer, por ejemplo, unos 5.000 al año; en cambio la empresa nº 1, en la que ganas 7.000, no te retiene nada porque según las reglas de Hacienda no tiene porqué y la empresa nº 2, en la que ganas los restantes 13.000 te retiene, según las reglas de retención del IRPF, 3.000. Así, cuando llega el momento del impuesto Hacienda "arregla cuentas" contigo y te pide los 2.000 que faltan (si no tienes nada que te sirva para deducir). El único consejo que se puede dar es pedir que el empresario nº 2 te retenga por encima de sus cálculos y el nº 1 te retenga algo (se puede hacer, si el trabajador lo solicita) y contratar, por ejemplo, algún plan de pensiones u otro producto para desgravar y que el golpe sea menos duro.

Espero haberte ayudado. Un saludo.